Khỉ Capuchin lông vàng lần đầu tiên được mô tả như là "Caitaia" bởi Georg Marcgrave vào năm 1648. Năm 1774, Johann Christian Daniel von Schreber đã xem Simia flavia là một loài độc lập (một loài riêng), nhưng từ lâu nó đã không hề có bất kỳ mẫu vật nào. Mãi cho đến năm 2006, các nhà nghiên cứu mới chỉ định kiểu mẫu tiêu chuẩn của nó. Trong bài viết chỉ định kiểu mẫu của các nhà nghiên cứu, thì Oliveira và Langguth đã xác nhận tính nhất quán của Marcgrave, Schreber về những con khỉ này, gán công cho Schreber, và thiết lập một sự kết hợp mới của tên khoa học của nó, C. flavius-Schreber, 1774.

Cùng năm 2006, Mendes Pontes và Malta đã báo cáo C. queirozi là một loài mới. Tuy nhiên, de Oliveira và các cộng tác viên của ông đã chỉ ra sự tồn tại của các nghiên cứu trước đó, đó là những nghiên cứu của Marcgrave và Schreber, cũng như sự không phù hợp của Mendes Pontes và mẫu vật của Malta, và do đó coi C. queirozi là một từ đồng nghĩa cơ sở. Rylands và Mittermeier theo dõi quan điểm của Oliveira và Langguth. Năm 2011, Jessica Lynch Alfaro và cộng sự đã đề xuất rằng các những con khỉ mũ mình dày như vậy (trước đây là nhóm C. apella) được xếp trong một chi riêng biệt, Sapajus, từ các con khỉ mũ mình thon (trước đây là nhóm C. capucinus) vẫn được giữ lại trong chi Cebus.